北京儿童医院研究所坐落于北京市丰台区丰益桥路1号，前身为1955年成立的北京儿童医院科研所，是北京市儿科医疗预防保健康复和医学研究的唯一专业机构。
北京儿研所的研究领域广泛，涵盖儿童常见病、多发病及疑难危重疾病的诊治、疾病机制研究、公共卫生、预防保健、康复等多个方面。重点研究领域包括儿童发育行为疾病、儿童肿瘤、儿童呼吸疾病、儿童感染性疾病、儿童新生儿疾病，以及儿童健康促进等。
北京儿研所近年来取得了一系列重大研究成果，其中包括：
发现了儿童急性淋巴细胞白血病新亚型，为儿童白血病的精准治疗提供了新的靶点；
建立了我国首个儿童药理学研究中心，为儿童药物安全有效性提供了保障；
开发了儿童脑瘫早筛查和干预技术，有效降低了患儿的残疾率。
北京儿研所设有15个临床科室和10个专业研究室，为患儿提供综合、专业的诊疗服务。重点特色专科包括：
儿童血液肿瘤科：在儿童白血病、淋巴瘤和实体瘤的诊治方面处于国内领先水平；
儿童神经内科：擅长儿童脑瘫、癫痫、神经肌肉疾病和发育迟缓的诊断和治疗；
儿童呼吸内科：在儿童哮喘、肺炎、支气管炎等疾病的诊治方面有较强的优势。
北京儿研所是北京儿童医院的临床和科研教学基地，承担着北京大学、首都医科大学等多所医学院校的本科和研究生教学任务。每年接收国内外大量的进修人员，为儿科领域培养了大批专业人才。
